潛伏期為數小時至1～2天。起病急、發展快，突然高熱，體溫達39～40℃，甚至更高，精神萎靡、嗜睡、反復驚厥、昏迷，甚至發生循環及呼吸功能衰竭等嚴重癥狀。而胃腸癥狀腹瀉在早期常不明顯，往往需經0.9%溫鹽水(200ml)灌腸采取沉底糞便檢查，發現有多數白細胞或見紅細胞方能確診。
由于全身各臟器微循環障礙程度不同，臨床上可表現出以下不同類型：
1.腦型(腦微循環障礙型) 以腦微循環障礙為主，腦水腫明顯，輕度表現面色發灰，精神萎靡，嗜睡，驚厥，口唇發紺，呼吸增快，四肢肌力增高，血壓正常或輕度升高。重度表現出中樞性呼吸衰竭：神志昏迷，頻繁或持續性驚厥，面色蒼灰，瞳孔一側大、一側小，對光反射遲鈍或消失。呼吸深淺不勻、節律不整或有雙吸氣、嘆息樣呼吸、下頜呼吸、然后呼吸次數逐漸減少，減少至12次/min，這是一個危險信號，如不給予特殊搶救，患兒可突然呼吸停止而死亡。
2.休克型(皮膚內臟微循環障礙型) 此型以皮膚內臟微循環障礙為主，大量血液淤滯在外周，有效循環血量不足。輕度表現神志尚清楚，但有煩躁，精神萎靡，面色蒼白，手腳發涼，口唇輕度發紺，皮膚發花，末梢循環差，毛細血管再充盈時間＜2s。尿量減少，脈搏增快，脈壓差小，血壓略降低；重度表現：神志模糊或昏迷，面色蒼灰，四肢濕冷，口唇發紺，四肢皮膚花斑，末梢循環更差，毛細血管再充盈時間＞3s，脈搏微弱或摸不到，少尿或無尿，血壓明顯下降或測不出。
3.肺型(肺微循環障礙型) 又稱呼吸窘迫綜合征，以肺微循環障礙為主，此型少見，常在毒痢腦型或休克型基礎上發展而來。病情危重病死率高。輕度表現：煩躁不安，面色暗紅，呼吸加快，頻率＞35次/min，進行性呼吸困難，肺部呼吸音減低，X線可見肺部網狀陰影。血氣分析，pH＞7.45，氧分壓＜8.0kPa(60mmHg)，二氧化碳分壓＜4.67kPa(35mmHg)；重度表現：有嚴重的吸氣性呼吸困難，張口大幅度吸氣(因肺泡內換氣不好、缺氧嚴重)，發紺進行性加重。肺部呼吸音減低，出現管狀呼吸音、捻發音，X線見肺部大片狀陰影或兩肺廣泛實變。血氣分析pH＜7.35，氧分壓＜5.33kPa(49mmHg)。二氧化碳分壓＞5.99kPa(45mmHg)。
4.混合型 上述2型或3型同時存在或先后出現。此時毒痢患兒由于全身嚴重的微循環障礙，重要器官的血流灌注銳減，組織缺血缺氧嚴重，甚至發生組織細胞壞死，極易發生多器官功能衰竭。混合型病死率甚高。
