(1)頭頸部：頭頸部腫瘤根據發生的部位可分為眼眶、腦膜周圍和非腦膜周圍三種。眼眶內橫紋肌肉瘤可導致眼球凸出、球結膜水腫或眼瞼和結膜腫塊。晚期可能失明、眼肌麻痹，或者兩者都有。腦膜周圍腫瘤經常侵蝕顱骨，引起腦神經癱瘓和腦膜刺激癥狀。鼻咽部腫瘤可引起聲音改變、氣道梗阻、窒息和鼻出血。鼻旁竇腫瘤有疼痛、鼻腔分泌物增多、鼻出血癥狀。中耳及乳突部位腫瘤可呈息肉樣從耳凸出，可有中耳炎、面神經癱瘓表現。根據原發部位不同，5%～20%的病例有頸部淋巴結轉移。眼眶腫瘤預后最好，而腦膜周圍腫瘤預后最差。頭頸部橫紋肌肉瘤的組織類型大多數為胚胎型。鼻咽癌和鼻咽部橫紋肌肉瘤發病情況很相似，但鼻咽癌好發大齡兒童，頸部淋巴結轉移率較高，預后較差。
(2)泌尿生殖系：泌尿生殖系腫瘤可表現為尿路梗阻、血尿或兩者兼有，而盆腔腫物可引起腹痛或腸梗阻。陰道、宮頸、子宮腫瘤可有陰道分泌物。睪丸旁腫瘤通常是單側的、無痛性陰囊內腫塊，偶伴腹膜后腫塊，多繼發于淋巴擴散，占27%。
(3)四肢和軀干：肢體和軀干部腫瘤表現為腫塊，一些患者則先出現淋巴結轉移的癥狀(占12%)。胸部腫瘤可壓迫呼吸。脊柱旁腫瘤可有脊髓壓迫和神經癥狀。
(4)其他部位：腹膜后橫紋肌肉瘤可非常大，導致腹痛、消化道或尿路梗阻癥狀。消化道和膽道腫瘤少見，但如發生，則表現為消化道或膽道梗阻。心臟腫瘤一般有充血性心力衰竭或心律不齊。另一個少見的發病部位是氣管和肺。