體重不增以致減輕是營養不良的最初癥狀。病程持久時身長(高)也會低于正常。皮下脂肪層不充實或完全消失。其消減的順序依次為腹部，其次為胸、背、腰部、然后上肢，下肢，臀部，最后額、頸、頦及面頰部。因此，在營養不良的早期，若僅看面部而不作全身檢查，不易發現其消瘦。皮下脂肪大量消失時，皮膚變得干燥、蒼白、皺紋和松弛，失去彈性、腸型可見。肌肉發育不良，肌張力低下，有時亦增高。運動功能發育遲緩，智力落后，體溫降低。心音低鈍、節律不齊、血壓偏低、呼吸表淺。初期往往多哭煩躁，繼則變為呆鈍，對周圍環境不感興趣，睡眠障礙，或抑郁與煩躁交替出現，初期食欲尚佳，繼則低下乃至消失，常有嘔吐及腹瀉，亦可出現頻頻帶黏液的大便，即所謂饑餓性腹瀉。慢性喂養不足的患兒也可能經常便秘。當伴隨各種維生素不足時可發生相應的各種癥狀，如維生素A缺乏所致干眼癥、B族維生素缺乏性口角炎，也有缺鐵、葉酸和維生素B12缺乏性貧血。由于患兒免疫力低下，易患并發癥，最常見為腹瀉、肺炎以及各種感染。
1.胎兒期營養不良 John Dobbing l968年即提出如果營養不良發生在妊娠中期，此時正值腦發育的高峰期(發育腦，developing brain)，也是腦細胞易受損時期，此時發生的營養不良會明顯影響腦的發育，進而累及神經及精神運動的發育導致腦功能障礙，而后引起小兒認知及智能缺陷。孕后期營養不良影響骨骼肌及脂肪組織的發育。宮內營養不良所造成的免疫損害既嚴重且持久，不易被出生后補充營養糾正。近有較多流行病學資料顯示，出生時發育遲緩(stunting)可導致兒童身材矮小。亦有報道胎兒營養不良與成年人心血管疾病如高血壓、冠心病及糖尿病有關。宮內營養不良往往引起出生低體重兒。
2.新生兒營養不良 新生兒營養不良可能是胎兒營養不良的繼續，也可發生于生后1月內，其病因多與喂養不當，消化系統先天畸形如唇、腭裂有關。臨床表現為生理性體重下降后不易再回升，體重繼續減輕，皮下脂肪大量丟失后，額部起皺，顴骨突起，呈“小老人”外貌。好哭、煩躁，食欲下降或拒奶。免疫功能低下，易感染，常合并貧血，維生素缺乏及水腫。合并腹瀉酸中毒者，因呼吸功能代償差，臨床可見典型酸中毒表現，應加以警惕。
3.3歲以上小兒營養不良 此期營養不良可由于：嬰兒期營養不良的繼續；熱能、蛋白質攝入不足；不良飲食習慣影響進食；功課繁重影響食欲或由于全身疾病等多種原因所致。早期表現為倦怠無力，或煩躁不安，食欲不振和極易出現消化紊亂，便秘頗為常見，甚或出現饑餓性黏液便。脂肪耐受力差。如過量供給，極易發生嘔吐、腹瀉。肌肉松弛導致一種疲倦的姿勢如圓肩、胸廓平坦而腹部凸出。常表現出倦怠，面色蒼白，膚色暗晦及眼睛缺乏神采。大多數患兒有神經系統癥狀如睡眠不安、夜驚，有時發展成各種神經精神癥狀，如遺尿、咬指甲及顏面抽搐等。低色素貧血常見。遷延病例，其骨骼發育亦延緩，出牙不規律，青春期可延緩。患者抵抗力降低，易伴發各種感染。