腸瘺的治療可分為局部治療與全身治療兩個方面，應根據不同階段的病理特點，把局部治療與全身治療有機地結合起來，方能收到良好的治療效果。
小腸內瘺的治療首先要解決原發病變。而小腸外瘺的治療因不同病期而異，大致可分為3個階段。
1.第一階段(早期)
(1)充分的腹腔引流：腹腔感染是導致腸瘺患者死亡的主要原因。腹腔感染往往由于外溢腸液未能得到妥善引流而難以控制，這是治療早期腸瘺的首要任務。其關鍵是吸盡腹內膿液及清除壞死組織，在近瘺口的最低位放置引流。務必注意有多發膿腫的可能性，切勿遺漏。當前認為雙套管是腸外瘺最有效的引流方法，持續的負壓吸引既能防止組織堵塞引流管孔道，又能有效地引流瘺出液。由于腹腔引流物中含有多量的纖維素和壞死組織，管腔仍可能被堵塞而失去引流作用。因此目前常在雙套管外附加一根細塑料管，以持續滴入灌洗液即構成了三腔管的引流系統，可較長期有效地保持引流作用。
若患者已伴有腹部切口裂開，則可經切口直接放置三腔引流管。但需使引流管盡量接近瘺口及感染灶。引流管應避免直接壓迫腸袢和其他臟器，以免發生壓迫性損傷。待腹腔感染得到控制，再二期縫合腹部切口。
對于嚴重的腹腔多處感染，用三腔引流管引流往往仍難以達到滿意效果，常由于有殘留膿腫而被迫多次剖腹引流，但效果亦不佳。為此，近年來有人主張采用腹腔造口術，即將腹腔敞開，視整個腹腔為一個膿腫來處理，每次換藥即可引流腹內各處的積液及積膿。但應嚴格掌握腹腔造口術的指征，只有當腹腔感染嚴重且范圍廣泛，或腹內有多發或多腔膿腫，并伴有難以控制的全身感染時才用。
腹腔造口術有一定的并發癥，如暴露的腸管可能壞死而自發穿孔，腹內臟器膨出，以及丟失大量體液等，有時處理也相當棘手。為此，控制性開放處理(controlled open management)較為適當。應用大塊有孔塑料薄膜或乳膠膜覆蓋在腸袢上，再蓋以敷料，切口可作暫時性的部分關閉，每次更換敷料時再敞開處理。亦有人在腹壁切口上安置塑料拉鏈，需要時拉開拉鏈檢查腹腔，待感染控制后再拆除拉鏈，二期縫合切口。近年，亦有用聚丙烯網覆蓋在大網膜或器官上，其邊緣縫合于腹壁切口緣的筋膜上，可防止暴露的腸管破損成瘺，防止內臟脫出，而腹內液體可透過網孔而得到引流。當發現有新的腸瘺或膿液滲出，即揭去網作腹腔探查，與腸袢之間很易分離。
在此階段腸瘺所在部位的腸管均有顯著炎癥、水腫等病理改變，故任何試圖縫合和壓迫堵塞腸瘺的意圖，不僅肯定失敗，反而可能加重已有的病理變化，使病變更加復雜。
(2)糾正低血容量、水和電解質失衡：腸瘺患者多有血管內容量和組織間液的嚴重丟失，故在行剖腹引流前應首先糾正低血容量，補充足量的等滲液。同時安置胃管減壓，使胃腸道功能處于靜止狀態，減少分泌，降低失液量。引流術后的補液量及其組成可參考瘺的引流量及胃腸減壓量、尿量、皮膚彈性等予以調節，還可測定血清電解質和動脈血氣分析，以了解電解質和酸堿失衡的程度，必要時可測定中心靜脈壓或放置Swan-Ganz導管來監測。引流量一定要認真詳細地記錄。在高排出量的引流液中，應直接測定電解質的含量。一般在治療頭幾天內應完成水、電解質失衡的糾正，以后再根據丟失量予以補充，以維持內環境的穩定。
在糾正低血容量、補充等滲液的同時，還應減少消化液的分泌。近年來，腸外營養(PN)可顯著減少腸瘺流量，促進傷口自愈，已成為腸瘺治療的重要措施而引起重視。Reber對高流量(1500～2000ml/24h)的患者給予PN和H2受體拮抗劑治療，瘺流量減少到300～800ml/24h。Dicastanzo聯合應用PN和生長抑素(somatastatin)，治療后第1天起瘺流量即減少70%，腸瘺自愈率達82%，總死亡率為13%。生長抑素的半衰期極短，臨床上需用微量輸液泵持續給藥。間斷給藥多使用半衰期長的奧曲肽(生長抑素八肽)衍生物。
(3)合理選用抗菌藥物：嚴重的腹腔感染是導致腸外瘺患者死亡的主要原因。應選用強有力的廣譜抗生素，如疑有厭氧菌感染時可加用甲硝唑。必須強調的是，抗生素不能替代手術引流，只能作為手術治療時以及術后的輔助治療。長期連續使用廣譜抗生素可導致多種細菌對抗菌藥物的抗藥性，而且易于發生真菌感染。所以如果手術引流已很充分，則不宜過多地使用抗生素。若引流后病人又有全身感染中毒現象，應疑有另一腹腔膿腫存在，須重復攝片及作B超檢查，必要時作CT檢查，以發現膿腫并及時處理。
(4)控制外溢腸液，防止皮膚糜爛：保護瘺口周圍皮膚也是處理的重點之一。小腸瘺尤其是高位小腸瘺的引流液中含有大量消化酶，對皮膚的腐蝕作用很大，極易引起皮膚糜爛，病人深感痛苦，而且影響瘺管的手術治療。應用氧化鋅軟膏或梧桐膠(karaya膠)等涂于瘺口周圍皮膚上，防止皮膚糜爛是一種方法，但更重要的是及時將漏出的腸液吸去。具體做法因不同情況而異，往往也需要醫護人員開動腦筋，反復實踐，才能解決。
2.第二階段(中期) 大致為發病后的第2～3個月。此時腹內感染已基本控制，外瘺已完全形成，引流量不再增多或開始減少。在此階段內除保持良好的引流和保護瘺口周圍皮膚之外，最為重要的是全身營養支持，增強體質，為瘺口自愈創造條件。
腸瘺的死亡原因除腹內感染未能控制，或合并膿毒血癥外，另一個重要原因是嚴重營養不良，患者體重明顯下降，并有貧血和低蛋白血癥。由于腸瘺使營養喪失太多，而熱能攝入不足，致使病人很快出現體重明顯下降。有報道血清白蛋白低于25g/L者的死亡率為33.8%，而高于25g/L者僅為1.6%。因此對腸瘺病人要提供足夠的蛋白質及熱能。
20世紀60年代末發展起來的全腸外營養(TPN)，在危重病人營養支持方面發揮了巨大的作用。在腸瘺的整體治療中，TPN是一必不可少的重要手段，不僅使水、電解質的補充較為方便，內環境失衡較易糾正，更主要的是營養物質從靜脈輸入，可減少胃腸液的分泌量，從而經瘺口丟失的腸液量亦減少，有利于瘺口的自愈。由于營養物質從腸外得到補充，改善了患者的營養狀況，因此不必為改善營養狀況而急于手術，為腸瘺的擇期徹底手術創造了條件。由于用于腸瘺病人的TPN量大且持續較長時間，故經外周靜脈補充常難以完成，需作中心靜脈插管。
從生理觀點看，腸內營養(EN)優于腸外營養(PN)。腸黏膜自身代謝有很大部分是依靠腸內營養物。腸內營養可防止腸黏膜萎縮，有利于維持腸黏膜屏障及免疫功能，減少腸道細菌移位的發生。但腸內營養可能刺激腸液分泌增加，使腸瘺加重或延長病期。
可根據不同病人及其病程來選擇腸外營養、腸內營養，或腸外營養和腸內營養聯合營養支持。
在此階段還應積極加強局部治療。在腸瘺的局部治療上，容易出現2種偏向：一是在瘺的初期過于急躁，企圖匆忙地處理局部，但往往事與愿違，瘺口反而擴大，病情更加復雜；二是在中期對瘺的局部處理不積極，時間的拖延，使病人消耗更多。