小腸瘺的臨床表現因不同部位、不同病因而異，而且瘺形成的不同時期亦有不同表現。
一般于胃腸道手術后2～7天，病人主訴不適，腹脹，胃腸功能未恢復，體溫持續在38℃以上，脈搏每分鐘＞100次，白細胞計數增高。表現為惡心、嘔吐，無肛門排便、排氣，或大便次數增多，但量少，為水樣稀便，解便后仍感腹部不適。腹部體征呈腹腔感染、腹膜炎、腸麻痹表現。腹部切口紅腫，為典型的切口感染。當切口穿破后可排出膿血性液體，24～48h后流出大量液體，即腸液。經引流后，病人發熱和白細胞計數增高等癥狀可有所好轉。
由于丟失大量腸液，可造成嚴重的水、電解質失衡，甚至出現低血容量性休克。病人不能進食，加上營養補充又困難，很快出現體重下降、消瘦，表現為營養不良。病人又可并發膿毒血癥和(或)敗血癥，以致多器官功能衰竭而死亡。如引流通暢，感染得到控制，一般情況好轉，又能及時有效地補充營養，瘺口可自行關閉。
另由于大量腸液自瘺口流出，因此瘺口周圍皮膚往往潮紅、糜爛，呈濕疹樣改變。
引流量的多少，對于估計瘺位置的高低很有價值。一般講，高位小腸瘺引流量多而質稀薄，內含膽汁及胰液，而低位小腸瘺的引流物較少且質稠。切口筋膜裂開的引流液較清，多發生于術后2～5天。因此，發生時間有助于鑒別切口筋膜裂開還是早期腸管破裂。