1.潛伏期短
一般為24小時左右，最長不超過3天。
2.自覺癥狀
起病急，開始時可為單眼，但迅速累及雙眼，發病后即出現劇烈的異物感、眼痛及怕光流淚等癥狀。分泌物初為漿液性，以后變為黏液纖維素性。一般病情于1～2天發展到頂點，3～4天后逐漸減輕，7～10天后恢復正常。有的患者出現全身不適、頭痛、發熱、鼻塞、喉痛等癥狀。
3.眼部表現
（1）眼瞼腫脹輕重不同，所有患者都可發生。其腫脹為水腫性，不伴紅痛，數天即可消退。
（2）球結膜下出血發生率高達70%以上，好發部位在顳上方，出血多為斑點或片狀，色鮮紅，嚴重時整個結膜下都有出血，與外傷性結膜下出血相似。出血多在1～2天之內發生，輕者1周左右自行吸收，重者需1個月后才能吸收。臨床上根據結膜下是否出血分為兩型：①出血型：多見于年輕患者。②水腫型：多見于高齡患者。
（3）濾泡形成早期因瞼結膜高度充血而不明顯，3～4天后待充血消退，才發現下穹隆部有較多細小濾泡形成，較流行性角結膜炎少而輕。
（4）角膜病變①多發性角膜上皮糜爛發生率高，發病3小時后角膜上皮即可出現針尖大小的多發性上皮糜爛，呈散在或排列成條狀、片狀分布，是引起眼痛、異物感的主要原因。3～4天后可自行消失，少數持續2周以上。②表層點狀角膜上皮病變30%左右的患者結膜炎消退后出現淺層點狀角膜炎。通常只有數個浸潤點，多在角膜的中心部，必須通過裂隙燈顯微鏡才可發現。多數在1～4周后自行消失，很少引起流行性角結膜炎所致的上皮下浸潤，一般不造成視力損害。糖皮質激素滴眼，數天內即可消失。
（5）其他癥狀多數病例在發病時，可有耳前或頜下淋巴結腫大，并有壓痛。該癥狀隨結膜炎的消退而消失。極少數病例尚可出現虹膜炎的改變。
4.病毒癥狀差異
本病可由EV70和CA24兩種病毒引起，其臨床表現很難加以區別，據文獻統計，CA24造成的結膜下出血（84%）比EV70低（98%）（P=0.01），出血程度也是前者低于后者，然而前者比后者更易出現全身癥狀。