1.結膜炎
受染母親所生新生兒，30%～50%會發生結膜炎，10%～20%會發生肺炎。多在生后5～14天發病，胎膜早破患兒可更早出現結膜炎。常單側發病，多有自限性，先有卡他性結膜炎癥狀，后出現黏液膿性分泌物，眼瞼及結合膜腫脹、充血，眼瞼結合膜濾泡形成在新生兒較少見，但有時可有假膜形成，造成片狀瘢痕。一般不侵犯角膜，如不治療，一般充血逐漸減輕、分泌物逐漸減少，持續數周而愈；偶轉為慢性，病程超過1年。失明罕見。
2.肺炎
衣原體肺炎患兒可先患衣原體結膜炎（50%），亦可不發生衣原體結膜炎，由定時定植于鼻咽部的衣原體下行感染而發生衣原體肺炎。臨床可有上呼吸道感染的表現，鼻充血，常無明顯分泌物，大于50%患兒骨膜外觀可異常；一般不發熱或僅低熱，精神尚可，無明顯感染中毒表現；呼吸增快，明顯陣發性不連貫的咳嗽，體重不增；部分患兒有呼吸暫停，喘鳴多不明顯。一般病情不重，少數患兒需要用氧，但重癥早產兒有時需用呼吸機。