發現鑒定的泛素連接酶E3主要有兩大類:HECT結構域家族和RING結構域家族,最近又發現了一類新的E3家族:U.box蛋白家族。HECT結構域主要是通過與泛素形成催化作用所必需的硫酯鍵發揮作用,而RING結構域為E2和底物提供居留位點從而使E2催化泛素轉移到底物上。