與其他藥物的相互作用和其他形式的相互作用：
當與其它細胞生長抑制劑或放療合用時其骨髓毒性會增加。異環磷酰胺可能加重放療導致的皮膚反應。
如患者曾經或同時接受具有腎毒性的藥物如順鉑、氨基糖苷類、阿昔洛韋或兩性霉素B等藥物時，異環磷酰胺的腎毒性會加劇，繼之骨髓毒性和神經（中樞神經）毒性也會加劇。
因異環磷酰胺對免疫系統產生抑制，所以有可能減弱患者對疫苗的反應，接種活性疫苗時會加劇疫苗引起的損害。與華法林同時使用，可能增強后者的抗凝血作用而導致出血的危險性增加。作用于中樞神經系統的藥物（比如止吐藥、鎮靜藥、麻醉藥或抗組胺藥）應非常謹慎使用或在必要時停止使用，尤其在異環磷酸胺引發的腦瘤患者中，與環磷酰胺類似，異環磷酰胺與下列藥物可能會有相互作用：
別嘌呤醇及氫氯噻嗪可能加重它的骨髓抑制毒性
氯丙嗪、三碘甲狀腺索及乙醛脫氫酶抑制劑如雙硫侖可增強其效能及毒性。
和樂生能增加磺胺類藥物的降血糖作用。
如之前或同時使用苯巴比妥、苯妥英、水合氯醛有誘導肝微粒體酶的風險。
和樂生能加強氯化琥珀膽堿的肌松效能。
由于西柚中有某種物質可能影響異環磷酰胺的活化而減弱其治療效果，因此患者須避免食用或飲用西柚和西柚汁。
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