1、與非甾體抗炎藥(NSAID)的相互作用：
當環孢素和非甾體抗炎藥合用于類風濕性關節炎病人時，應密切監測臨床狀態和血清肌酐(參見警告)。
曾有報告，環孢素與萘普生和舒林酸之間有藥效學相互作用，它們同時使用時，以99m-Tc二乙烯三胺戌酸(DTPA)和(p-氨基馬尿酸)PAH清除率測定的腎功能累加性下降。盡管同時給予雙氯芬酸不會影響環孢素的血濃度，但這與雙氯芬酸幾近翻番的血濃度和腎功能可逆性下降的個別報道有關。因此，雙氯芬酸的劑量應接近治療范圍的下限。
2、與甲氨喋呤的相互作用：
初步數據提示，當對類風濕性關節炎病人(N=20)同時給予甲氨喋呤和環孢素時，甲氨喋呤濃度(AUCs)增加了約30%，其代謝物7-羥基甲氯喋呤的濃度(AUCs)下降了約80%。這一相互作用的臨床意義不清楚。環孢素濃度似乎沒有改變(N=6)。
3、與其它藥物的相互作用：
當潑尼松、地高辛及HMG-CoA還原酶抑制劑與環孢素同時給藥時，這些藥物的清除率下降。此外，在給予環孢素后，地高辛的表觀分布容積降低。幾個服用地高辛的病人開始環孢素治療后的幾天內發生了嚴重的地高辛中毒。環孢素不得與保鉀利尿藥合用，因為會產生高血鉀。
用環孢素治療期間，免疫接種可能會減效。應當避免使用活疫苗。與及HMG-CoA還原酶抑制劑同用，曾導致肌炎并偶發橫紋肌溶解；與硝苯地平同用，牙齦增生頻繁；與大劑量甲潑尼龍合用，會導致驚厥。
接受其它免疫抑制劑及放射性治療(包括PUVA和UVB)的牛皮癬病人不應同時服用環孢素，因為可能會產生過度的免疫抑制。