1．骨髓抑制劑與甲氧芐啶片同用時發生白細胞、血小板減少的機會增加。
2．氨苯砜與甲氧芐啶片合用時，兩者血藥濃度均可升高，氨苯砜濃度的升高可使不良反應增多且加重，尤其是高鐵血紅蛋白血癥的發生。
3．甲氧芐啶片不宜與抗腫瘤藥、2，4-二氨基嘧啶類藥物同時應用，也不宜在應用其他葉酸拮抗藥物治療的療程之間應用本品。因為有產生骨髓再生不良或巨幼紅細胞貧血的可能。
4．與利福平合用時可明顯增加本品清除，血清半衰期縮短。
5．與環孢素合用可增加腎毒性。
6．甲氧芐啶片可干擾苯妥英鈉的肝內代謝，增加苯妥英的t1/2達50%，并使其清除率降低30%。
7．與普魯卡因胺合用時可減少普魯卡因胺的腎清除，致普魯卡因胺及其代謝物NAPA的血濃度增高。
8．與華法林合用時可抑制該藥的代謝而增強其抗凝作用。