經長期高度選擇，有些毒性大的磺胺藥逐漸被淘汰，如磺胺噻唑（ST）、磺胺甲基嘧啶（SM）、磺胺甲氧達嗪（SMP）。實際用于臨床僅3～4種（SD、SIZ、SMZ、SA），雖然許多細菌對磺胺藥產生抗藥性，但由于磺胺類藥物價格便宜，使用方便，而且也不會產生象廣譜抗生素常引起的腸道菌群失調，故磺胺敏感菌仍主要選用磺胺藥來治療，其效價與抗生素相當或更高些。磺胺藥的普通給藥方法是定時間隔口服，為盡快達到足夠的有效血藥濃度，開始時宜加倍劑量。又因這些藥物排泄較快，要維持血藥濃度就必須反復多次給藥。臨床主要用于以下幾方面：
①流行性腦脊髓膜炎。各種磺胺藥中，以SD滲入腦脊液的濃度最高，故治療腦膜炎時，首選SD。輕癥可口服給藥。重癥用其鈉鹽作靜脈注射。
②尿道感染。一般選用溶解度較大、原形從尿中排出多的磺胺藥。常用SIZ、SMZ。SMZ常與抗菌增效劑（TMP）按5:1比例，制成復方新諾明片，抗菌作用可增數倍到數十倍。
③呼吸道及咽部感染。由細菌引起的急性上、下呼吸道感染。臨床常用 SMZ+TMP。
④腸道感染。一般選用胃腸道難吸收的磺胺藥。但抗磺胺藥的腸道菌株已有增加，所以在治療時，可配用一些易吸收的磺胺藥，如SMZ+TMP。
⑤局部感染。選外用磺胺藥。眼部疾患常用SA，燒傷和創傷感染可選用SD-Ag、SML，兩者都有抗綠膿桿菌作用。SML化學結構與磺胺并不完全相同，因此不受PABA的影響。
TMP抗菌譜與磺胺相似，對革蘭氏陽性菌和陰性菌均有效。其抗菌作用是抑菌而不是殺菌。臨床主要作抗菌增效劑應用。TMP的抗菌機理是抑制二氫葉酸還原酶，妨礙四氫葉酸的合成。所以TMP與磺胺合用時，可以使細菌的葉酸合成受到雙重阻斷作用，這不僅增強了抗菌力，同時亦可減少抗藥性產生。因此，TMP的發現，使磺胺藥在抗菌治療中有了新的發展。TMP口服吸收完全，分布于全身，以肺、肝、膽汁中濃度高，可透入腦脊液，大部以原形從腎排出，半衰期10小時。臨床上TMP常與SMZ配成混合制劑復方新諾明使用，因二者的體內過程和半衰期較一致,能在體內始終保持比較穩定的濃度，而發揮協同增效作用。臨床上常用來治療急性和慢性尿道或呼吸道感染。對淋病、嚴重的腸道感染和心內膜炎也均有療效。TMP毒性低，雖然人體在合成四氫葉酸過程中，也需二氫葉酸還原酶，實驗證明，TMP對哺乳動物二氫葉酸還原酶的親合力比對細菌二氫葉酸還原酶的親合力要小 1萬至幾萬倍。使 TMP有可能對細菌發揮明顯抑制作用時而對人和哺乳動物機體毒性不大，所以一般治療量不引起葉酸缺乏。大劑量、長期服用，少數患者可出現白細胞和血小板減少，可用四氫葉酸治療。動物實驗發現TMP有致畸作用，故孕婦禁用。