臨床上引起食物中毒的細菌很多，如沙門氏菌、空腸彎曲菌、葡萄球菌、副溶血性弧菌、蠟樣芽胞桿菌、致病性大腸桿菌、變形桿菌、肉毒梭菌、小腸結腸炎耶爾森菌等。糞便培養對臨床確診有重要意義，但有時糞便培養不一定有致病菌存在。
陽性見于沙門菌引起的食物中毒。沙門菌是引起食物中毒的主要病原菌之一，亦是最常見的食物中毒的原因。一般從病人的糞便或嘔吐物中分離出沙門菌。
金黃色葡萄球菌引起的食物中毒：主要通過對食物或糞便中的腸毒素檢測來進行診斷。因為被污染的食物經加熱后葡萄球菌已被殺死，若培養則出現陰性結果，而腸毒素在加熱的情況下并不被破壞，因此，腸毒素的檢測可用動物試驗或酶聯免疫試驗協助。
副溶血性弧菌引起的食物中毒：主要是攝入被副溶血性弧菌污染的水產品和腌菜所致。該菌引起的食物中毒主要靠細菌學檢測確診。但在糞便培養時，大多數病例第二天即轉為陰性，僅有少數在2-4天內能檢出陽性。因此，對可疑病例應及時采集糞便培養，以免影響陽性檢出率。
空腸彎曲菌引起的食物中毒是由于食入彎曲菌污染的肉類或牛奶所致。該病的確診主要依據細菌學檢測。
小腸結腸炎耶爾森菌引起的食物中毒：采集食物或糞便的標本進行細菌培養。
肉毒梭菌引起的食物中毒：主要是由肉毒梭菌產生的外毒素所引起。通常應在現場采集可疑食物做細菌學檢測或動物試驗。嬰兒的肉毒梭菌中毒，則主要是通過糞便內毒素的檢測來確診，糞便培養結果多為陰性。