GERD是在多種因素影響下造成的消化道動力障礙性疾病，食管反流物中含有胃酸或膽酸，胰酶等對食管黏膜有害的致病物質。對GERD患者作基礎酸和刺激后最大胃酸分泌量檢測，并未發現胃酸增加，故不是胃酸分泌過多所致。正常情況下，食管有防御胃酸及十二指腸內容物侵襲的功能，包括食管、胃結合部正常解剖結構構成的抗反流屏障和食管對反流物的抵御作用，即食管廓清功能及食管黏膜組織抵抗力。食管防御機能下降，則容易出現病理性胃食管反流，目前認為GERD是由多種原因促成的。其發病過程是食管抗反流防御機制下降和反流物對食管黏膜攻擊作用的結果，食管防御機制下降起主導作用。