GER原臨床表現多樣，輕重不一，有些癥狀較典型，如燒心和反胃，有些癥狀則容易混淆，無特征性，從而忽略了對本病的診治。多數患者呈慢性復發過程。其臨床表現可分為四組，即：
①GER癥狀，如反胃，反酸；
②由于反流物刺激食管引起的癥狀，如燒心，胸痛，吞咽時胸痛；
③食管以外的刺激癥狀，如咳嗽、氣喘及咽喉炎等癥狀；
④并發癥癥狀。
1.燒心和反酸 是GER最常見的癥狀。胃內容物在無惡心和不用力的情況下涌入口腔統稱為反胃，反流物中偶含少量食物，多呈酸性或帶苦味，此時稱為反酸。反酸常伴有燒心。燒心指胸骨后燒灼感或不適，常由胸骨下段向上伸延。常在餐后1h出現，尤其在飽餐后。平臥、彎腰俯拾姿勢或用力屏氣時加重，可于熟睡時擾醒。
2.咽下疼痛與咽下困難 炎癥加重或并發食管潰瘍時，可出現咽下疼痛，多在攝入酸性或過燙食物時發生。部分患者有咽下困難，呈間歇性，進食固體或液體食物均可發生，每發生在開始進餐時，呈胸骨后梗塞感，可能是由于食管痙攣或功能紊亂所致。少部分患者發生食管狹窄時則呈持續性咽下困難，進行性加重，對干食尤為明顯。
3.胸骨后痛 常有位于胸骨后的燒灼樣不適或疼痛，嚴重時可為劇烈刺痛，可向劍突下、肩胛區、頸部、耳部及臂部放散，酷似心絞痛。多數患者由燒心發展而來，但仍有部分胃食管反流病患者無燒心反酸等典型癥狀，尤應注意鑒別。
4.其他 有的患者表現為咽部不適有堵塞感，但無真正的吞咽困難，稱為癔球癥，是由于酸反流引起上食管括約肌壓力升高的緣故。重癥反流性食管炎因反流物吸入，可導致慢性咽炎、聲帶炎嘶啞、哮喘發作或吸入性肺炎。