1、食管酸清除
正常情況時食管內容物通過重力作用，一部分排入胃內，大部分通過食管體部的自發和繼發性推進蠕動將食管內容物排入胃內，此即容量清除，是食廓清的方式。吞咽動作誘發自主性蠕動，反流物反流入食管引起食管擴張并刺激食管引起繼發性蠕動，容量清除減少了食管內酸性物質的容量，剩余的酸由咽下的唾液中和。
2、食管粘膜防御
在胃食管反流病中，僅有48%－79%的患者發生食管炎癥，另一部分患者雖有反流癥狀，卻沒有明顯的食管粘膜損害，提示食管粘膜對反流物品有防御作用，這種防御作用稱之為食管粘膜組織抵抗力。包括食管上皮表面粘液、不移動水層和表面HCO3、復層鱗狀上皮結構和功能上的防御能力及粘膜血液供應的保護作用等。
3、胃排排空延遲
胃食管反流餐后發生較多，其反流頻率與胃內容物的含量、成分及胃排空情況有關。胃排空延遲者可促進胃食管反流。