腦干腦炎病癥的嚴重程度，差別很大，輕度腦炎的癥狀跟任何病毒感染相同：頭痛、發熱、體力衰弱、沒有食欲。較嚴重的腦干腦炎癥狀，是腦的功能受到明顯的影響，造成心煩氣躁、不安及嗜睡，最嚴重的癥狀是臂部或腿部肌肉無力，雙重視覺（復視)言及聽覺困難，有些病例的嗜睡現象，會轉變為昏迷不醒。
輕度腦干腦炎很常見，甚至會不為人所察覺。但在一千個麻疹病例中，大約會有一個引發輕度腦干腦炎。其危害程度，要看患者的年齡，及造成腦干腦炎的感染原是哪一種而定。
嬰兒及老年人患腦干腦炎可能會致命，但其他年齡的人患腦干腦炎則可能會完全復原，有時候是在經過長時間患重病之后復原。雖然腦干腦炎可能造成腦的永久性損害，但產生嚴重后果的百分比卻不高。
1.全身毒血癥狀：發熱、頭痛、身痛、惡心、嘔吐、乏力。少數有出血疹及心肌炎表現。熱程約7～10天。
2.神經系統癥狀：意識障礙，腦膜刺激征。第2病日后，可出現頸肌及肩胛肌弛緩性癱瘓，以致頭下垂及手臂不能上舉，搖搖無依。腦神經及下肢受累少見。癱瘓約2～3周可恢復，約半數肌肉萎縮。輕癥可無明顯神經癥狀。