（一）多彩色熒光原位雜交（multicolor fluorescence in situ hybridization，mFISH）
mFISH是在熒光原位雜交基礎上發展起來的新技術，它不僅具有FISH的優點，而且克服了FISH的許多局限，其最大特點是可將多次繁頊的FISH實驗和多種不同的基因定位在一次FISH實驗中完成。mFISH能同時檢測多個基因，分辨復雜的染色體易位和微小缺失，區分間期細胞多倍體和超二倍體等。mFISH用激發光譜和吸收光譜不同的熒光索按一定調色方法標記不同的探針，從而對不同靶DNA同時進行定位和分析，并能對不同探針在染色體上的位置進行排序。
探針熒光素顏色調配的方法有非調色法，混合調色法和比例調色法。這3種調色法中，比例調色法只需要極少幾種熒光素就可標記多種探針，因而更有發展潛力。染色體描繪（chromosome painting），比較基因組雜交（comparative genomic hybridization，CCH）、光譜染色體自動核型分析（speetral karyolyping.，SKY）、交叉核素色帶分析（cross-species colorbanding，Rx-FISH）和多彩色原位啟動標記（mulicolor primed in situ labeling，mulicolor PRINS）等技術都是在mFISH的基礎，上發展起來的。
（二）DNA纖維熒光原位雜交技術（DNA fiber -FISH）
FISH的分辨率取決于載體DNA的濃縮程度，如何提高分辨率一直是一個重要課題。Wiegant等和Heng等首先利用化學方法對染色體進行線性化，再以此為載體進行FISH，使其分辨率顯著提高，這就是最初的纖維-FISH。纖維-FISH應用各種不同技術，將待研究細胞的全部遺傳物質即DNA在載玻片上制備出DNA纖維，用不同顏色熒光物質標記的探針與DNA纖維雜交，在熒光顯微鏡下觀察結果并進行分析。
纖維-FISH的關鍵就在于制備高質量的線性DNA纖維。理想制備出的DNA長度應與完全自然伸展的DNA纖維相近，并且.斷裂點應盡可能少。近年來已發展了多種制備DNA纖維的方法。纖維-FISH能進行定量分析，所需模板量少且要求不高，具有分辨率高和靈敏度高等優點。因此，纖維-FISH在染色體圖譜繪制，基因重組研究以及臨床染色體基因序列檢測工作中起著十分重要的作用。