原核細胞中起始氨基酸活化后,還要甲酰化,形成甲酰蛋氨酸tRNA,由N10甲酰四氫葉酸提供甲酰基。而真核細胞沒有此過程。前面講過運載同一種氨基酸的一組不同tRNA稱為同功tRNA。一組同功tRNA由同一種氨酰基tRNA合成酶催化。氨基酰tRNA合成酶對tRNA和氨基酸兩者具有專一性,它對氨基酸的識別特異性很高,而對tRNA識別的特異性較低。氨基酰tRNA合成酶是如何選擇正確的氨基酸和tRNA呢？按照一般原理,酶和底物的正確結合是由二者相嵌的幾何形狀所決定的,只有適合的氨基酸和適合的tRNA進入合成酶的相應位點,才能合成正確的氨酰基tRNA。現在已經知道合成酶與L形tRNA的內側面結合,結合點包括接近臂,DHU臂和反密碼子臂。氨基酰－tRNA合成酶與tRNA的相互作用,可見氨酸接受柄、乍看起來,反密碼子似乎應該與氨基酸的正確負載有關,對于某些tRNA也確實如此,然而對于大多數tRNA來說,情況并非如此,人們早就知道,當某些tRNA上的反密碼子突變后,但它們所攜帶的氨基酸卻沒有改變。1988年,候稚明和Schimmel的實驗證明丙氨酸tRNA酸分子的氨基酸臂上G3：U70這兩個堿基發生突變時則影響到丙氨酰tRNA合成酶的正確識別,說明G3：U70是丙氨酸tRNA分子決定其本質的主要因素。tRNA分子上決定其攜帶氨基酸的區域叫做副密碼子。一種氨基酰tRNA合成酶可以識別以一組同功tRNA,這說明它們具有共同特征。例如三種丙氨酸tRNA（tRNAAlm/CUA,tRNAAim/GGC,tRNAAin/UGC都具有G3：U70副密碼子。）但沒有充分的證據說明其它氨基酰tRNA合成酶也識別同功tRNA組中相同的副密碼子。另外副密碼子也沒有固定的位置,也可能并不止一個堿基對。