已知西羅莫司是細胞色素P-450（CYP3A4）和P-糖蛋白（P-gp）的作用底物。CYP3A4 和P-gp 的誘導劑可降低西羅莫司的血藥濃度，而CYP3A4 和P-gp 的抑制劑可增加西羅莫司血藥濃度。
1、環孢素：
環孢素是CYP3A4 和P-gp 的作用底物和抑制劑。已證明其在和西羅莫司合用時，能增加西羅莫司的血藥濃度。聯合服用西羅莫司和環孢素時，應監測橫紋肌溶解癥的發生情況。基于環孢素膠囊（改進型）的影響，建議應在服用環孢素口服溶液（改進型）和/或環孢素膠囊（改進型）[環孢素微乳劑（改進型）]4 小時后服用西羅莫司（見[用法用量]）。
在一項單劑量藥物-藥物相互作用試驗中，24 例健康志愿者同時或在服用新山地明軟膠囊（環孢素膠囊[改進型]）300 mg 四小時后服用西羅莫司（雷帕鳴?片劑）10 mg。與新山地明軟膠囊聯合服用時，西羅莫司的平均Cmax 和AUC 分別比單獨服用西羅莫司上升了512%和148%。但在服用新山地明軟膠囊（環孢素膠囊[改進型]）4 小時后服用，西羅莫司的Cmax和AUC 比單獨服用西羅莫司均上升了33%。
在一項多劑量試驗（150 例牛皮癬患者）中，西羅莫司按0.5，1.5 和3.0 mg/m2/日服用，同時服用山地明口服溶液（環孢素口服溶液）1.25 mg/kg/日，與單獨服用西羅莫司相比，西羅莫司的平均谷濃度增加了67-86%。西羅莫司谷濃度的個體間差異（變異系數CV%）為39.7-68.7%。多劑量西羅莫司對服用山地明口服溶液（環孢素口服溶液）后的環孢素谷濃度無明顯影響，但CV%（85.9-165%）高于以往試驗所測數值。
2、細胞色素CYP3A4 和P-糖蛋白（P-gp）的抑制劑和誘導劑
不推薦西羅莫司與CYP3A4 和/或P-gp 的強效抑制劑（如：酮康唑、伏立康唑、伊曲康唑、紅霉素、泰利霉素和克拉霉素）或CYP3A4 和/或P-gp 的強效誘導劑（如：利福平和利福布丁）聯合使用（見[注意事項] -警告）。西羅莫司在腸壁和肝臟中被CYP3A4 同功酶廣泛代謝，并且可被P-gp 藥物流出泵從小腸上皮細胞逆轉運至腸腔。西羅莫司在小腸細胞和腸腔間的潛在循環使之可被CYP3A4不斷代謝。因此，西羅莫司的全身吸收和吸收后的消除可被作用于上述兩種蛋白的藥物所影響。CYP3A4 和P-gp 抑制劑可減慢西羅莫司的代謝，使西羅莫司的血藥濃度上升；而CYP3A4 和P-gp 誘導劑則加快西羅莫司的代謝，使西羅莫司的血藥濃度下降。對于需要使用CYP3A4 的強效抑制劑或強效誘導劑的患者，建議考慮改用對CYP3A4 抑制或誘導作用較弱的藥物。
3、地爾硫卓：地爾硫卓是CYP3A4 和P-gp 的底物和抑制劑；如果與地爾硫卓合用，應監測西羅莫司的濃度并在需要時調整劑量。18 例健康志愿者同時口服西羅莫司口服溶液10 mg 和地爾硫卓120 mg，西羅莫司的生物利用度明顯受影響。西羅莫司的Cmax，tmax和AUC 分別增加1.4、1.3 和1.6 倍。西羅莫司不影響地爾硫卓或其衍生物（去乙酰地爾硫卓和去甲基地爾硫卓）的藥代動力學。
4、紅霉素：紅霉素是CYP3A4 和P-gp 的底物和抑制劑，應監測西羅莫司的濃度并考慮對這兩種藥物適當減少劑量；不推薦西羅莫司片劑與紅霉素同時服用（見[注意事項] -警告）。24 例健康志愿者同時口服西羅莫司口服溶液2 mg，每日1 次和紅霉素片劑（達穩態濃度）800 mg，每8 小時1 次，西羅莫司和紅霉素的生物利用度明顯受影響。西羅莫司的Cmax和AUC 分別增加4.4 和4.2 倍，而tmax增加0.4 小時。紅霉素的Cmax和AUC 分別增加1.6 和1.7 倍，而tmax增加0.3 小時。
5、酮康唑：酮康唑是CYP3A4 和P-gp 的強效抑制劑；不推薦雷帕鳴?與酮康唑同時服用（見[注意事項] -警告）。服用雷帕鳴?口服溶液后，多劑量服用酮康唑顯著影響西羅莫司的吸收速率和程度，反映在西羅莫司的Cmax、tmax 和AUC 分別增長了4.3 倍、38%和10.9 倍。然而西羅莫司的終末半衰期無變化。單劑量西羅莫司不影響酮康唑12 小時的穩態血漿濃度。
6、利福平：利福平是CYP3A4 和P-gp 的強效誘導劑；不推薦雷帕鳴?與利福平同時服用（見[注意事項] -警告）。給予14 例健康志愿者多劑量服用利福平600 mg/日，連續14 日，接著單劑量服用西羅莫司口服溶液20mg，西羅莫司的口服劑量清除率大幅上升了5.5 倍（范圍為2.8-10），表明AUC 和Cmax分別平均下降約82%和71%。對于需要服用利福平的患者，應考慮改用酶誘導作用較小的治療藥物。
7、維拉帕米：維拉帕米是CYP3A4 和P-gp 的底物和抑制劑；應監測西羅莫司的濃度并考慮對這兩種藥物適當減少劑量。26 例健康志愿者同時服用西羅莫司口服溶液2 mg，每日1 次，和維拉帕米180mg，每12 小時1 次（達穩態濃度），西羅莫司和維拉帕米的生物利用度明顯受影響。西羅莫司的Cmax和AUC 分別增加2.3 和2.2 倍，而tmax無明顯變化。維拉帕米的藥理活性S-對映體的Cmax和AUC 均增加1.5 倍，而tmax減少1.2 小時。