誘導性多能干細胞最初是日本科學家山中伸彌（Shinya Yamanaka）于2006年利用病毒載體將四個轉錄因子（Oct4, Sox2, Klf4 和c-Myc）的組合轉入分化的體細胞中，使其重編程而得到的類似胚胎干細胞和胚胎APSC多能細胞的一種細胞類型。隨后世界各地不同科學家陸續發現其它方法同樣也可以制造這種細胞。
2012年10月8日，John B. Gurdon 與 Shinya Yamanaka 因此獲得諾貝爾生理學和醫學獎。
2016年3月10日，由日本大阪大學眼科學教授西田幸二等人組成的科研小組在世界上首次發表了成功利用人工誘導多功能干細胞(iPS細胞)一并培育出部分角膜、晶體和視網膜等眼睛主要部位細胞的研究成果。該成果被發表在本月9日的英國科學雜志《自然》電子版上。
2006年日本京都大學山中伸彌（Shinya Yamanaka）領導的實驗室在世界著名學術雜志《細胞》上率先報道了iPS的研究。 [2]
他們把Oct3/4、Sox2、c-Myc和Klf4這四種轉錄因子引入小鼠胚胎或皮膚纖維母細胞，發現可誘導其發生轉化，產生的iPS細胞在形態、基因和蛋白表達、表觀遺傳修飾狀態、細胞倍增能力、類胚體和畸形瘤生成能力、分化能力等都與胚胎干細胞極為相似。
2007年11月，由中國科學家俞君英領銜的Thompson實驗室和山中伸彌實驗室幾乎同時報道，利用ips技術同樣可以誘導人皮膚纖維母細胞成為幾乎與胚胎干細胞完全一樣的多能干細胞。
所不同的是日本實驗室依然采用了用逆轉錄病毒引入Oct3/4、Sox2、c-Myc和Klf4四種因子組合，而Thompson實驗室采用了以慢病毒載體引入Oct4、Sox2加Nanog和LIN28這種因子組合。
這些研究成果被美國《科學》雜志列為2007年十大科技突破中的第二位。
2008年，哈佛大學George Daley實驗室利用誘導細胞重新編程技術把采自10種不同遺傳病患者病人的皮膚細胞轉變為iPS，這些細胞將會在建產疾病模型、藥物篩選等方面發揮重要作用。
美國科學家還發現，iPS細胞可在適當誘導條件下定向分化，如變成血細胞，再用于治療疾病。
哈佛大學另一家實驗室則發現利用病毒將三種在細胞發育過程中起重要作用的轉錄因子引入小鼠胰腺外分泌細胞，可以直接使其轉變成與干細胞極為相似的細胞，并且可以分泌胰島素、有效降低血糖。這表明利用誘導重新編程技術可以直接獲得某一特定組織細胞，而不必先經過iPS細胞這一步。
2009年，中國科學家于2008年11月利用iPS細胞培育出小鼠—“小小”。
中國科學院動物研究所周琪研究員和上海交通大學醫學院曾凡一研究員領導的研究組合作完成的工作表明，利用iPS細胞能夠得到成活的具有繁殖能力的小鼠，從而在世界上第一次證明了iPS細胞與胚胎干細胞具有相似的多能性。科學家表示，這一研究成果表明iPS細胞或許同胚胎干細胞一樣可以作為治療各種疾病的潛在來源。