轉運RNA分子由一條長70~90個核苷酸并折疊成三葉草形的短鏈組成的。上圖中有兩種不同的分子，苯丙氨酸tRNA(4tna)和天冬氨酸tRNA(2tra)。tRNA鏈的兩個末端在圖上方指出的L形結構的末端互相接近。氨基酸在箭頭示意的位置被連接。在這條鏈的中央形成了L形臂，如圖《tRNA的三葉草結構》下方所示，露出了形成反密碼子的三個核苷酸。三葉草結構的其余兩環被包裹成肘狀，在那里它們提供整個分子的結構。四個常見RNA堿基---腺嘌呤，尿嘧啶，鳥嘌呤和胞嘧啶顯然不能提供足夠的空間以形成一個堅固的結構，因為這些堿基大部分被修飾過以延長它們的結構。有兩個奇特的例子，看37號反密碼子相鄰的堿基，位于甲硫氨酸tRNA（1yfg）或苯丙氨酸tRNA(4tna和6tna)的起始部位。