由于首過代謝作用和腸及肝中細胞色素酶P4503A4的高系統清除作用，通常，吸入后丙酸氟替卡松的血藥濃度很低。因此，不會出現具有臨床意義的由丙酸氟替卡松引起的藥物相互作用。
一項在健康志愿者中進行的藥物相互作用的臨床試驗顯示，利托那韋(ritonavir，一種CYP3A4肝酶強抑制劑)可使丙酸氟替卡松血藥濃度大幅度增加，導致血清皮質醇濃度的明顯降低。曾有同時接受丙酸氟替卡松和利托那韋治療的病人出現具有臨床意義的藥物相互作用，導致系統糖皮質激素效應，包括庫興氏綜合征(Cushing's Syndrome)及腎上腺功能抑制。因此，應避免將丙酸氟替卡松與利托那韋合用。只有當病人對藥物的預期收益超過可能產生系統糖皮質副反應時，才能考慮同時給予丙酸氟替卡松和利托那韋。
研究表明，其它細胞色素酶P4503A4的抑制劑對丙酸氟替卡松系統暴露量增加無影響(紅霉素)和輕微影響(酮康唑)，血清皮質醇濃度無明顯降低。然而，同時服用P4503A4肝酶強抑制劑(如，酮康唑)時，應注意有可能造成丙酸氟替卡松系統暴露的增加。