在進行分離純化時，首先將固定相充滿于色譜柱，而后色譜柱即圍繞自身軸進行自轉；同時圍繞設備中心軸進行高速公轉(即行星式運動)，再將流動相泵入色譜柱。在此之前，首先選擇預先平衡好的兩相溶劑中的一相為固定相，并將其充滿螺旋管柱，然后使螺旋管柱在一定的轉速下高速旋轉，同時以一定的流速將流動相泵入柱內。在體系達到流體動力學平衡后(即開始有流動相流出時)，將待分離的樣品注入體系。進樣時，將樣品組分溶于一定體積的的流動相之中，其組分將依據其在兩相中分配系數的不同實現分離。同時，在注入固定相和流動相前，需配制溶劑系統，充分振蕩后靜置過夜；分離上下層溶劑，超聲排氣30min。而測試結束后用氮氣將固定相推出, 可測得保留率，有時由于固定相的流失導致流出液乳化，一般要求固定相的保留值大于50%。
