顱內生殖細胞腫瘤治療方法的選擇依賴于腫瘤的部位，大小和病理性質等諸多因素，各種顱內生殖細胞腫瘤的預后差異很大，每個患者的具體情況也不同，對各類顱內生殖細胞腫瘤制定統一的治療方式是不現實的，但多數強調放療、化療和手術的綜合治療。原則上應對經組織學檢查確診的生殖細胞瘤者先采用化療后補充放療，單獨化療只能治愈部分生殖細胞瘤，但半數病人會復發，單純化療而不加用放療是不可取的。
生殖細胞瘤主要治療手段為中等劑量的放療和以鉑劑為基礎的化療聯合，手術和活檢的目的是取得準確的病理，畸胎瘤主要為手術切除，而其他NG-GCTs則必須全面評估手術切除，術前和或術后化放療的利弊，采取個體化的綜合治療。先化療再手術，術后再化療和放療的“三明治”式治療方法臨床常常被采用。