(6) 正粘病毒脂質層
由內、外兩層構成，緊靠于內膜蛋白之外。脂質占病毒粒子總重量的20%～25%，使病毒對乙醚和其它脂溶劑敏感。HA和NA亞單位的疏水性末端即植入于這個脂質層內。流感病毒的脂質與副粘病毒相似，主要來自宿主細胞，由磷脂、膽固醇和三甘油脂組成，其中磷脂和膽固醇占95%以上。
(7) 正粘病毒宿主抗原
在不同種動物細胞中生長的流感病毒粒子，帶有各該動物細胞的宿主抗原。例如，在雞胚細胞中培養的病毒，給家兔進行免疫注射，不僅使其產生抗病毒抗體，而且還能產生抗雞胚細胞的抗體。宿主抗原占病毒總重量的5%，分子量為15kDa，大部分是糖。宿主抗原連結于病毒表面蛋白上，可能是HA和NA的糖蛋白中的糖組分。抗宿主抗體主要針對宿主細胞的糖。
(8) 正粘病毒血凝素
血凝素(HA)是流感病毒的主要表面糖蛋白，具有凝集多種動物紅細胞的性質，借助HA對細胞受體的作用，使病毒附著于細胞，在穿膜過程中起關鍵作用。HA具有誘生中和抗體的能力，產生免疫保護作用。HA可以直接通過血凝反應檢測，其抗體可用血凝抑制、中和試驗、補反和ELISA方法來檢測。流感病毒的HA呈三角細長的棒狀構造。HA為75kDa的糖蛋白，可水解成兩個獨立的肽鏈,兩個多肽由二硫鍵連接在一起。HA水解成HA1和HA2是感染的先決條件。HA的變異性很強，是病毒發生抗原變異的主要原因。HA由甲、乙型流感病毒RNA片段4編碼，是典型的I型糖蛋白。它含有4個結構域：信號肽(前導序列)、胞漿域、跨膜域和胞外域。免疫學和生物化學方法研究證明，HA在細胞內質網合成。合成后由內質網運送到高爾基復合體，最后到達細胞膜，嵌入胞膜的脂質雙層，在病毒出芽釋放時被帶到病毒囊膜上。HA在運送過程中經過不斷的修飾，如將N－葡萄糖苷寡糖加到天門冬酰胺殘基上，有些寡糖加上去后還經過進一步修飾。修飾的位置隨毒株不同而有區別。這樣形成的單體HA分布在內質網膜上，在向高爾基體運送過程中，由二硫鍵連接并折疊成一定的形狀，隨后形成三聚體，由高爾基體運送到細胞膜。HA產生后到其發揮作用時，還經過幾個切割加工過程，包括N端信號肽的切除及HA1和HA2的產生。N端的信號肽約由16個氨基酸殘基組成，其作用是識別內質網膜。HA合成后由信號肽酶將這一短肽切除，因此成熟的HA不含信號肽。另一個加工過程是將HA切割成兩條多肽鏈，產生HA1和HA2。切割時去掉一個或多個氨基酸殘基，這與宿主細胞及毒株的毒力有關。HA1和HA2的分子量分別為36kDa和27kDa，兩條肽鏈被一個二硫鍵連在一起，再加上分子內的一些二硫鍵及其它非共價鍵的相互作用，使HA形成一定的立體結構。HA的一級結構〓根據對不同亞型毒株HA的氨基酸序列測定及根據其片段4的核苷酸序列推測，HA大約由562～566個氨基酸殘基組成。在HA的氨基端有一由16個疏水氨基酸組成的信號肽，在加工過程中被信號肽酶切掉。緊接信號肽的328個氨基酸殘基是HA1部分，羧基端的221個氨基酸殘基構成HA2。在HA1和HA2之間有一精氨酸殘基，在加工過程中被切掉。經過切割后產生的HA1和HA2由一個二硫鍵和許多非共價鍵連在一起，兩條肽鏈之間的二硫鍵在HA1的14位和HA2137位的半胱氨酸之間形成。另外在HA1和HA2分子內還有其它的二硫鍵。HA2的羧基端(185～211氨基酸區域)主要由疏水氨基酸殘基組成，HA靠這一部分插入病毒囊膜的脂質雙層。最末端的10個氨基酸殘基多數是親水性的，因此可伸出脂質雙層進入病毒粒子內。HA是一種糖蛋白，每一個HA單體分子上帶有7個寡糖鏈，其中6個在HA1，1個在HA2。這些寡糖鏈都通過N－葡萄糖苷鍵與天門冬氨酸殘基相連。HA中寡糖的總量約占20%，主要由氨基葡萄糖組成，一些甘露糖形成枝狀結構，此外還有少量的巖藻糖，其最外端是半乳糖。在其它病毒糖蛋白的寡糖末端常帶有唾液酸(N－乙酰神經氨酸)，但流感病毒沒有，這是由于病毒粒子含有神經氨酸酶的緣故。 目前對大多數亞型的HA已經測序，通過序列比較發現半胱氨酸殘基在所有亞型的序列中都很保守。這表明它們從一個共同的“祖先”進化而來，并且表明它們的結構都相似。通過部分氨基酸序列的比較發現，H1和H3亞型差別最大，僅25%的同源性；其它亞型之間的同源性較高，H2與H5亞型HA之間序列的同源性最高，為80%；相同亞型的不同毒株之間，HA序列的同源性在90%以上。 HA的三維結構〓流感病毒囊膜表面的纖突是三個HA聚合在一起形成的三聚體。用去污劑將病毒粒子裂解后可分離到完整的HA纖突。當把去污劑除去后，HA分子靠其疏水端聚集在一起形成玫瑰花樣。用蛋白水解酶(如菠蘿蛋白酶)消化某些毒株，可分離到不完整的HA分子。HA纖突由三個HA單體分子組成，單體可分為兩部分，一部分是呈球狀的頭部，含有受體結合位點和抗原決定簇；另一部分為柄，與囊膜相連，長約7.6nm。三聚體的總長為135nm。用X線衍射技術對HA研究的結果表明，HA1的氨基端和HA2的羧基端位于分子的末端，并且靠近囊膜。球狀頭部由HA1組成，莖部由HA2和部分HA1組成。在HA頭部和莖部各單體之間都有局部接觸，這樣使之形成的三聚體更加穩固。
(9)神經氨酸酶(NA)
神經氨酸酶是流感病毒粒子表面的另一重要抗原。NA可水解細胞表面受體特異性糖蛋白末端的N－乙酰基神經氨酸。病毒在細胞表面成熟時，NA可以移去細胞膜出芽點上的神經氨酸，有利于病毒粒子的成熟和釋放。它具有免疫原性，能誘發相應的抗體。NA抗體可以抑制酶活性，并具有免疫保護作用。NA亞單位為四聚體，呈啞鈴狀，外端呈釘帽狀，大小為9×5nm，內端呈結節狀，直徑4nm，像樹根一樣植入于脂質層內，兩端由一長10nm的桿相連。NA亞單位的分子量為200kDa，它是由二個相同的并由二硫鍵連接的55kDa糖蛋白的二聚物，即由4個單體NA所組成，見圖24-4。NA的酶活性可以進行定量測定。HA和NA是甲、乙型流感病毒的兩種糖蛋白，而丙型流感則有一種糖蛋白，即血凝素—酯酶(hemagglutinin－esterase，HE)，具有HA的特性，又具有NA的酯酶活性。但丙型流感不具有NA活性。用去污劑、脂溶劑或蛋白水解酶(如胰蛋白酶、枯草菌素、鏈霉蛋白酶)處理，可使NA纖突從病毒粒子上釋放下來。通過電子顯微鏡觀察，發現釋放的NA纖突呈蘑菇狀。除掉去污劑后，這些纖突可通過疏水的莖部聚集在一起呈玫瑰花形。鏈霉蛋白酶處理釋放的纖突，具有完整的酶活性和抗原性。病毒囊膜上的NA纖突是NA單體形成的四聚體，它包括一個蘑菇狀的頭部和一個細莖。
NA是一種糖蛋白，其蛋白部分由片段6編碼。目前對絕大多數亞型毒株的片段6序列已經清楚，并能從基因序列推測出其氨基酸序列。通過對去污劑處理后釋放的NA進行部分氨基酸序列分析，發現與基因推測的序列很一致。NA蛋白質序列的特點是翻譯后不經過切割；信號肽不被除去；翻譯起始用的蛋氨酸仍然存在；羧基端也不曾經過加工。NA與HA不同，它屬于II類糖蛋白，即氨基端在囊膜內而羧基端在囊膜外，與HA正好相反。NA的一級結構包括4個區域，分別為氨基端胞漿尾、非極性跨膜區、莖部和頭部序列。NA的氨基端胞漿尾包括6個氨基酸殘基。根據目前所檢測的不同亞型的NA序列，發現氨基端胞漿尾非常保守，在所有的甲型流感病毒中都相同。這表明這一序列可能具有重要功能，但其真正功能目前還不清楚。NA的非極性跨膜區包括氨基端7到35位的氨基酸殘基，其中前6個比較保守，其余23～25個氨基酸變異較大。用去污劑和鏈霉蛋白酶處理提取NA后進行序列分析，證明非極性跨膜區的作用是將NA固定于脂質雙層；NA合成后在內質網的運輸過程中，這一序列起信號肽的作用。非極性跨膜區的長度在不同的亞型之間有差別。NA的莖部長度及序列在不同的毒株也有很大的差異。莖部的主要功能是幫助形成NA四聚體，當四聚體形成后，用鏈霉蛋白酶可將其莖部切下，而剩余的四聚體頭部仍可保持正常的結構，并且抗原和酶活性都不受影響。莖部是否還有其它功能，目前還不清楚。NA的頭部序列在不同亞型的毒株有較高的同源性(46%)，這一點與莖部和非極性跨膜區不同。用鏈霉蛋白酶處理將NA莖部和跨膜區除去，獲得NA的四聚體頭部，通過X線晶體衍射技術研究表明，四聚體頭部大小為100×100×60nm，由4個相同的單體構成。每一個單體由6個β折疊組成，每個折疊又由4條反平行排列的肽鏈組成。每個折疊的立體構型都相同，呈螺旋槳葉片狀，按逆時針方向排列。連接β－鏈的莖環結構在不同亞型之間的差異，其氨基酸的變化是造成NA酶活性和抗原性變異的原因。NA酶活性的催化中心位于頭部頂端，呈凹隱狀，每個NA單體都有一個，所以HA纖突具有4個催化中心。研究表明，每個NA纖突有4個抗原位點，每個位點又含有多個抗原決定簇。