毛細管電泳儀是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用帶電粒子之間的淌度和分配系數的差異進行分離。毛細管電泳儀與平板凝膠電泳儀的比較如下：
一、檢測器選擇：
1、毛細管電泳儀：多
2、平板凝膠電泳儀：少
二、分離度：
1、毛細管電泳儀：高
2、平板凝膠電泳儀：低
三、定量分析：
1、毛細管電泳儀：與高效液相色譜儀相當
2、平板凝膠電泳儀：困難
四、自動化：
1、毛細管電泳儀：容易
