應用
(1)高速DNA測序：由于人類基因組工程的提出，高速DNA測序引起了廣泛注意，由于對核苷酸及其聚合物極高的分辨率，毛細管電泳在DNA測序中的應用潛力也受到重視。在高電場和使用陣列毛細管條件下，其潛在的測序能力遠遠超過了現有方法。
??(2)手性分離現代社會中，手性分析常牽涉到人類生命、動植物的生存和演化，在藥物研究和生產中也是必須考慮的問題，研究證明手性手細管電泳是最簡單高效的手性分析方法。手性應用的研究包括異構體拆分、能度測定、反應動力學研究、手性藥物篩查等。
??(3)蛋白質分析蛋白質分離分析也是毛細管電泳的主要應用方向，包括：蛋白和多肽的純度分析、結構研究、結合蛋白的研究、生化及其過程分析、物化常數的測定，臨床醫學研究等。
??(4)糖分析糖是自然界中廣泛存在的化學物質，已發現的蛋白質中90%以上含有糖堿基;糖在細胞識別以及其它生物分子識別中也具有不可替代的作用。但是由于糖的一些特殊性質，對它的分離分析有很大的困難。而近年發展起來的毛細管電泳儀用于糖的分析取得了巨大的成功，成為糖分離分析的有效工具。
??(5)單細胞分析毛細管電泳既能研究許多細胞構成的樣品，也能只研究單個細胞，即單細胞分析。單細胞分析技術為生命科學研究打開了新的天地，推動了一系列的新研究的出現，已被廣泛應用于生物學、免疫學、血液流變學、細胞生理學，臨床醫學，特別是腫瘤研究和器官移植。
??(6)聯用技術聯用技術的研究將是毛細管電泳儀的重大發展方向之一，與譜、質譜等方法的聯用將會大大提高毛細管電泳儀的應用范圍。
