溫度
溫度影響分離重現性和分離效率，控制溫度可以調控電滲流的大小。溫度升高，緩沖液粘度降低，管壁硅輕基解離能力增強，電滲速度變大，分析時間減短，分析效率提高。但溫度過高，會引起毛細管柱內徑向溫差增大，焦耳熱效應增強，柱效降低，分離效率也會降低。
添加劑
在電解質溶液中加入添加劑，例如中性鹽、兩性離子、表面
活性劑以及有機溶劑等，會引起電滲流的顯著變化。表面活性劑常用作電滲流的改性劑，通過改變濃度來控制電滲流的大小和方向，但當表面活性劑的濃度高于臨界膠束濃度時，將形成膠束。加入有機溶劑會降低離子強度，Zeta電勢增大，溶液粘度降低，改變管壁內表面電荷分布，使電滲流降低。在電泳分析中，緩沖液一般用水配制，但用水一有機混合溶劑常常能有效改善分離度或分離選擇性。