毛細管電泳色譜儀分離類型有電泳型、色譜型、聯用型和其它型。
一、電泳型：
1、毛細管區帶電泳：毛細管內只填充pH緩沖液。
2、毛細管凝膠電泳：毛細管內填充聚丙烯酰胺等凝膠。
3、毛細管等電聚焦電泳：毛細管內填充pH梯度介質。
4、毛細管等速電泳：通常采用不連續（自由溶液）電泳介質。
二、色譜型：
1、填充毛細管電色譜：毛細管內填充色譜固定相。
2、空毛細管電色譜：毛細管內壁涂有色譜固定相，管內只填充pH緩沖液。
3、毛細管膠束電動色譜：在緩沖液中加入表面活性劑使成膠束。
4、毛細管微乳液電動色譜：使用水包油緩沖體系。
三、聯用型：
1、毛細管等速電泳－區帶電泳：毛細管等速電泳用于樣品濃縮。
2、毛細管親和電泳：增加分離選擇性。
3、毛細管電泳－質譜：質譜用于定性。
4、毛細管電泳－核磁共振：核磁共振用于定性。
5、預柱毛細管電泳：預柱用于樣品濃縮。
四、其它型：
1、毛細管陣列電泳：利用兩根以上的毛細管進行電泳。
2、毛細管芯片電泳：利用刻制在芯上的毛細管通道進行電泳。