毛霉菌的分生孢子隨空氣傳播、定居，并可在任何有碳水化合物來源的基質中生長。大部分人類通過吸入分生孢子而感染。它們體積很小，可直接進入肺泡，因此毛霉菌在侵襲機體組織之前，無需在人體中定殖。在健康宿主，分生孢子肺內巨噬細胞吞噬；在免疫損傷的宿主，分生孢子的發芽和直接生長容易發生血管侵襲。在中性粒細胞減少者，菌絲可通過直接擴散侵入鄰近組織，或通過淋巴血液途徑發生播散。毛霉菌病亦可經傷口發生定殖而發病。污染的食物可引起胃腸道的毛霉菌感染。[1]
