目前，氣相色譜技術常被用作蔬菜、水果中農yao的殘留檢測，各種肉類中獸藥的殘留及三甲胺、瘦rou精含量的檢測，飲用水中污染物質的檢測，煙熏肉中多環芳烴的檢測，食品添加劑的檢測，各種碳酸飲料及啤酒中風味成分的檢查，食品包裝袋中有毒物質的檢測以及食用油中脂肪酸與殘留溶劑的檢測。
氣相色譜在食品安全檢測的應用
1、農yao及其他農yao物殘留檢測
蔬菜及水果中通常會存在著有機磷、有機氯農yao殘留，魚、豬肉類通常會存在獸藥殘留，可通過GC/ECD氣相色譜檢測出有機氯農yao殘留，通過GC/NPD氣相色譜檢測有機磷農yao殘留，通過GC/FPD氣相色譜檢測有機硫農yao殘留。有研究表明，能通過GC/FID氣相色譜檢測魚、豬、蝦肉類中的三甲胺含量。
2、多環芳烴、丙烯酰胺、添加劑含量的檢測
多環芳烴是一種食品和環境污染物，已知的2-7環多環芳烴就多達幾百種，其中大多數具有致癌性。食品中屬煙熏類食品多環芳烴污染為嚴重，煙熏食物被廣大的消費者所喜愛，故對煙熏食品中的多環芳烴的含量檢測具有非常重要的意義，通過氣相色譜GC/MS法，利用毛細管色譜柱的高分離能力和質譜的高靈敏度，快速地對煙熏食品中常見的多環芳烴進行檢測。還能通過GC/FID氣相色譜檢測食品中苯甲酸、山梨酸等防腐添加劑的含量，通過GC/ECD氣相色譜能檢測出油炸食品中丙烯酰胺的含量，通過GC/FID氣相色譜能檢測面粉中過氧化苯甲酰的含量。
3、發酵飲品中風味組成質量控制
白酒中的甲醇、雜醇油是監控酒類衛生的重要標準。GB2757與GB10345對甲醇、雜醇油的含量與檢查方法有著嚴格的規定，通過GC/FID氣相色譜能快速且準確地檢測出白酒中甲醇與雜醇油的含量。啤酒、葡萄酒以及發酵飲料中含有許多揮發化合物和風味物質，通過頂空進樣氣相色譜分析技術能控制啤酒中硫化物、有害色素、揮發氣體等，通過對這些化合物在生產過程中的變化的控制，能控制啤酒、葡萄酒、發酵飲料等產品的質量。
4、食品塑料袋的有害物質檢查
食品的包裝塑料袋在加工的過程中，為了能加強塑料的可塑性、透明度及韌性，通常要添加多種增塑性，使用為廣泛，且使用量大的是酞酸酯，含量能高達50%以上，但酞酸酯類增塑劑在和塑料的基質之間未形成化學共價鍵，在接觸到食品的油脂、水時，就可能溶解，當酞酸酯增塑劑的使用含量越高，溶解的程度就會越多。酞酸酯對人以及動物均會造成慢性毒性，且具有致癌及致突變作用，同時還有生殖與發育毒性，是全球內為廣泛的化學污染之一。近年來，由于酞酸酯類化合物的環境的污染越來越重，以及對內分泌的干擾，受到了人們普遍的關注。可通過GC/FID氣相色譜技術檢測出塑料制品中的鄰苯二甲酸二甲酯、鄰苯二甲酸二乙酯、鄰苯二甲酸二丁酯、鄰苯二甲酸二正辛酯、鄰苯二甲酸二酯等五種酞酸酯。
5、食用油中脂肪酸組成、溶劑殘留分析
食用油通過溶劑浸出法生產時，雖然經過脫溶處理，但仍會有少量的溶劑殘留，我國對食用油浸出的相關規定為：浸出的食用油的溶劑殘留必須要小于50mg/kg。當前，我國植物油浸出常使用的浸出溶劑為六碳烷烴類溶劑，這屬于麻醉呼吸中樞的毒性溶劑，若將該溶劑殘留在浸出油中，長期接觸就會麻痹呼吸中樞，對皮膚屏障功能、周圍神經、造血功能帶來損傷，因此需要加強食用油生產中溶劑殘留的控制，才能提高食用油的衛生和安全。通過頂空氣相色譜法對六碳烷烴類溶劑進行檢測，具有分離效果好，分析時間短的優點。目前常用的油脂脂肪酸的組成檢測便是氣相色譜法，有研究表明，通過GC/FID法能將30多種脂肪酸進行較好的分離。