一是全掃描模式（SCAN），還有一個是選擇離子掃描模式（SIM），前者主要用來做未知化合物的定性分析，后者主要用于目標化合物檢測和復雜混合物中雜質的定量分析。
全掃描模式（SCAN）和選擇離子模式(SIM)，二者均可以進行定量分析，但是SIM模式需要SCAN模式提供定性和定量離子，且靈敏度更高。
