氦氖激光器已經被人們應用得非常普遍。但氦氖激光器又存在一定的缺點，激光器的效率較低，功率也不夠大。所以在激光外科手術、鉆孔、切割、焊接等這些行業中，人們現在大多換成采用 CO2激光器、脈沖激光器或者是半導體激光器等大功率激光器。
因為氦氖激光器具有工作性質穩定、使用壽命比較長的特點，因而現在對于氦氖激光器在流速和流量測量方面得到了更加普遍的開發和利用，同時在精密計量方面的應用也非常廣泛。
