用于脫除蛋白水解液的苦味
當蛋白質大分子酶解時，肽鏈中含有的疏水性氨基酸暴露出來，接觸味蕾，產生苦味。因此，用蛋白酶水解后的蛋白質水解液通常都呈現苦味。研究發現，疏水性氨基酸對苦味的形成是必須的，且這些疏水性氨基酸一般都位于肽鏈末端；如在肽鏈中殘留一定量的脯氨酸其苦味明顯增強。蛋白酶解液的脫苦方法的研究以前主要采用物理、化學方法，即分離提取苦味肽，或添加風味物質掩蓋苦味。有研究報道，利用氨肽酶進一步水解蛋白質的酶解液，可以脫除其苦味，1969 年 Y.Sato 等用 11 種蛋白酶處理酪蛋白水解液，發現亮氨酰氨肽酶可以脫去蛋白質酶解液的苦味，研究還發現各種乳酸菌的粗酶提取物均能夠除去或降低酶解液的苦味。此外，需要特別說明的是，脯氨肽酶在脫苦上有特別重要的作用，因為肽鏈末端脯氨酸殘基除去后，其三維結構會發生顯著改變，對酶解的敏感性增強，這種氨肽酶主要存在于乳酸菌中 。
蛋白質的深度水解
與蛋白酶復合使用，可以大幅度提高蛋白質的水解度。在醬油釀造、干酪生產及其它蛋白水解產品的制備過程中，可以提高蛋白質的利用率，節省成本。如崔春、趙謀明等利用風味蛋白酶（蛋白酶和氨肽酶的復合體）深度酶解藍園魚參蛋白，酶解 6h 后蛋白質的利用率即達到 83.3%，21h 時水解度達到59.7%。
生物活性多肽的制備
生物活性多肽大部分是細胞生長因子，它們在體內含量極低，但生物活性極高，對多種細胞生理功能和代謝活動發揮著生物調節作用。具有保健和美容的功能。通過控制蛋白質的酶解來得到特定的活性肽是制備活性多肽的一種安全且高效的途徑。劉通訊等先用蛋白酶對大豆分離蛋白進行水解，然后再用氨肽酶進行水解，研究發現，產品中的多肽含量相對單一用蛋白酶水解約能提高 12%左右。
在醫學上的特殊用途
脯氨肽酶能有效清除神經毒性化學毒劑及有機磷農藥，既可用作醫學上的解毒劑，也可以用作環境消毒劑。亮氨酰氨肽酶等還可用作蛋白質序列測定的分子工具。
