水解酶在EC編號中分類為EC3，并以它分解的鍵再細分為幾個子類：
EC3.1：酯鍵（酯酶）
EC3.2：糖（糖基酶）
EC3.3：醚鍵
EC3.4：肽鍵（肽酶）
EC3.5：C-N鍵，但不包括肽鍵
EC3.6：酸酐
EC3.7：C-C鍵
EC3.8：鹵鍵
EC3.9：P-N鍵
EC3.10：S-N鍵
EC3.11：S-P鍵
EC3.12：S-S鍵
EC3.13：C-S鍵
