輔助系統的設計主要是為了保障在線監測系統的連續穩定的運行，它需要根據現場情況的變化而作相應的調整。總體來說有以下幾個方面需要注意：
（1）管路的清洗：由于管路中殘留的污垢以及因此而孳生的藻類會對水樣造成污染，所以需要對管路進行定時定量的清洗，清洗的方式和內容多種多樣，目標都是為了保證水樣的真實性和代表性。
（2）電力的保障：電力的穩定直接關系到儀表分析的準確性和連續性，因此首先盡可能選擇穩定的交流電網以供接入；其次，在交流電進入自動監測系統前，需要對電流再次整流，以便應對突發性電流不穩情況的發生；最后，如果有必要的話，可以配備后備電源以供停電時在線監測系統的正常運行。
（3）預防雷擊：防雷主要分為站房防雷、電源防雷和通訊防雷，當遭遇雷擊時電流首先擊穿防雷器以達到保護儀表及系統設備的目的。這一點在雷雨多發的地區尤其重要，當發生雷雨后工作人員要盡快檢查防雷器的狀態，如損毀要及時更換。
（4）調節溫濕度：適合的溫度和濕度對于儀表的穩定運行也很重要，這部分功能主要由空調和除濕設備來實現。