近年來，不動桿菌出現多重耐藥株，臨床實驗證明：新一代的喹諾酮類環丙沙星、氧氟沙星、依諾沙星均顯示對不動桿菌有較高的抗菌活力。第三代頭孢，如頭孢噻肟；及第四代頭孢，如頭孢吡肟、頭孢匹羅都能用于多重耐藥的不動桿菌肺炎。部分病例對阿米卡星（丁胺卡那）、妥布霉素敏感的仍能應用。由于本病患者多有基礎疾病，全身衰竭明顯，營養支持治療較為重要，應酌情補充脂類、氨基酸、維生素、血漿、新鮮血液等。
