先天性青光眼一般均需手術控制眼壓。因大多數降眼壓藥物有不同程度的全身副作用，藥物治療僅作為手術前暫時的降壓措施或術后局部應用使眼壓達到滿意水平。
1.嬰幼兒型青光眼
一般認為先天性青光眼適用于手術治療，對縮瞳藥不敏感，藥物治療很難有效，術前常須應用鹽酸卡替洛爾、噻嗎心安、碳酸酐酶抑制劑、前列腺素類，可以降低眼壓，減輕角膜水腫。手術方式主要是房角切開術及小梁切開術或小梁切除術，80%以上的患者眼壓可以控制。小梁切開術是治療先天性青光眼的合理選擇，房角切開術雖然其目的為切開房角的小梁的病理性薄膜，但也可能切開了小梁，實質上也產生了降低眼壓的效果。
2.青少年青光眼
用鹽酸卡替洛爾、碳酸酐酶抑制劑、前列腺素類藥物、噻嗎心安，控制眼壓，聯合手術治療。
