克羅恩病是一種慢性、復發率高的、全消化道非特異性炎癥，治療原則是緩解癥狀，以藥物和營養治療為主。根據本病發作癥狀的不同，分為輕度、中度、重度。依據不同程度選擇不同治療：
1.內科治療
(1)支持和對癥治療 給予高熱量、高蛋白、低渣飲食，供應足量的維生素D和鐵。必要時可輸全血、氨基酸、白蛋白等腸道外靜脈營養。為了減少疼痛，可給鎮靜、止痛藥，如有細菌感染時，可給適當的抗生素。
(2)免疫療法 腎上腺皮質激素可緩解癥狀。常用強的松，分3次服，癥狀好轉改為隔日一次，連續2～4周后緩慢遞減劑量，使全身癥狀好轉，以利于病兒生長發育，也可縮短病程。6-巰基嘌呤與小量激素同用，對慢性活動性患者有效。水楊酸偶氮磺胺吡啶可用以治療較輕的克羅恩病，分兩次口服，開始為避免過敏反應，宜從10mg/kd·d起始，在1～2周內漸加至足量。副作用包括頭痛、皮疹、惡心、嘔吐、溶血以及抑制骨髓，應慎用，尤以2歲以下忌用。由于本藥妨礙葉酸的吸收和利用，應每日補給葉酸。
2.外科治療
手術指征：有急性腸穿孔、慢性復發性腸梗阻、膿腫、腸瘺形成、難治性腸出血、肛門直腸病等疾患，均須早期手術治療，切除局部病灶，但術后復發率高。