1.抗真菌治療
必須早期、足量、足療程治療。由于各種真菌對于藥物的敏感性有一定的差異，有條件時應做藥物敏感試驗。根據試驗結果選擇抗真菌類藥物。小兒要根據醫生診斷后，適當減量。常用的抗真菌藥有：
（1）兩性霉素B（AmB） 為廣譜第一線抗真菌藥物，口服不能吸收，必須由靜脈滴入。
（2）兩性霉素B脂質體 用于無法耐受傳統兩性霉素B制劑的患兒、腎功能嚴重損害、不能使用傳統兩性霉素B制劑的病例。
（3）氟胞嘧啶（5Fc） 對念珠菌、隱球菌及曲菌的少數菌株有效。療效比兩性霉素差，臨床常二者聯合應用。本品易產生耐藥性，口服吸收良好。
（4）克霉唑 對念珠菌、隱球菌、曲菌及莢膜組織胞漿菌均有良好的抑菌作用，不易產生耐藥性，口服吸收快。
（5）伏立康唑 具有廣譜抗真菌作用，尤其是對侵襲性曲霉菌有效。
（6）酮康唑 對念珠菌、新型隱球菌、莢膜組織胞漿菌、球孢子菌有抗菌作用。口服吸收好，毒性小，療效好，不損害腎功能，與AmB合用能增加殺菌能力。本藥不能通過血腦屏障。
（7）伊曲康唑 用于曲霉菌、念珠菌屬、隱球菌屬和組織胞漿菌等感染的預防治療。
（8）氟康唑 用于非粒細胞減少者的深部念珠菌病。
（9）卡泊芬凈 用于侵襲性念珠菌病、念珠菌血癥及侵襲性曲霉菌病。
（10）球紅霉素 療效類似AmB，但毒性較AmB低。口服不能吸收，必須由靜脈滴注。
2.輔助治療
治療原發病，增加營養，適量給予多種維生素。輸血或血漿、免疫球蛋白、轉移因子、胸腺素等，根據病情應用。在應用抗真菌藥物的同時，應積極治療可能存在的基礎疾病，增強機體免疫功能。
3.手術切除
肺空洞型曲菌球病且有反復咯血者，可行外科手術切除。手術方式以肺葉切除術為宜，盡量避免全肺切除術。