手術治療，對診斷明確者應早日手術，5歲左右為理想時間；有肺動脈高壓仍以左向右分流者應爭取手術；但重度肺動脈高壓、出現右向左分流者，應視為手術禁忌癥。手術預后一般良好。
一部分較小的第2孔型心房間隔缺損病例，可能在出生后1年內自行閉合，出生后2年則自行閉合的可能性極小。單純型第2孔型心房間隔缺損或第2孔型心房間隔缺損伴有部分右肺靜脈異位回流，肺循環血流量與體循環血流量之比超過1.5∶1者均應考慮手術治療。最適當的手術年齡為4～5歲，早期手術治療可防止肺循環阻力升高和出現右心衰竭。嬰幼兒期呈現充血性心力衰竭，內科手術未能控制心衰者，則需盡早施行手術。 肺循環阻力明顯增高，靜息時達6個Wood單位以上，運動后未下降或進一步升高。臨床上出現紫紺、心房水平呈現逆向分流，運動后動脈血氧飽和度進一步降低的病例禁忌手術治療。
