化膿性頜骨骨髓炎的病程經過，一般可分為急性期和慢性期兩個階段。由發病到死骨開始形成以前可統稱為急性期，一般約3～4周。如感染未能在急性期得到徹底控制，則進入慢性期。為了能在急性期控制感染，必須采用足量及有效的抗菌藥物治療。選用藥物多用抗金黃色葡萄球菌及混合感染的抗生素，另可根據細菌培養及藥敏選擇有效抗生素。在感染初期，亦可配合理療治療。
當感染進入化膿期，應及早行切開引流。待病情稍為緩解，張口度稍有改善后，應及早拔牙，使膿液從牙槽窩得到引流，防止感染在骨內擴散。
急性化膿性骨髓炎來勢急、病情重，可引起血行及顱腦并發癥，因此要密切觀察病情，早用相應急診處理。