治療原則是積極治療原發病，控制發作，維持緩解，減少復發，防治并發癥。在疾病控制發作之后，均應長期維持治療，一般以水楊酸類藥為主維持治療，部分患者使用免疫抑制藥。維持時間應不少于3～5年，甚至終生維持，其間部分病例可酌情隔日或間隙給藥以減少用藥量和藥物副作用[4]。
1.藥物治療
（1）非甾類抗炎藥這一類藥物可迅速減輕關節腫脹和疼痛及增加活動范圍，非甾類抗炎藥種類繁多，但對炎癥腸病性關節炎的療效大致相當。
（2）免疫抑制劑該類藥物較非甾類抗炎發揮作用慢，需1～6個月。
①柳氮磺吡啶為治療輕中度炎癥腸病性關節炎的主藥，也是維持緩解最為有效的一類藥物。該藥可改善炎癥腸病性關節炎的關節疼痛、腫脹和發僵。為了彌補柳氮磺吡啶起效較慢及抗炎作用欠強的缺點，通常選用一種起效快的非甾類抗炎藥與其并用。
②甲氨蝶呤活動性炎癥腸病性關節炎患者經柳氮磺吡啶和非甾類抗炎藥治療無效時，可采用甲氨蝶呤。其不良反應包括胃腸不適、肝損傷、肺間質炎癥和纖維化，血細胞減少、脫發、頭痛及頭暈等，故在用藥前后應定期復查血常規、肝功能及其他有關項目。
③硫唑嘌呤主要用于重癥頑固病例和維持緩解困難者。
④環孢霉素A靜脈滴注用于激素治療無效的重癥、暴發型病例，約80%可收到及時緩解效果、約50%可避免外科手術。但毒性作用大，腎臟毒性最為明顯。需密切監測血藥濃度以策安全。
（3）糖皮質激素口服或關節腔局部應用可減輕外周關節的滑膜炎，但對骶髂關節炎和脊柱炎無效。是治療炎癥腸病性關節炎原發病的主藥，適用于暴發型或重型患者，控制、減輕毒血癥。
（4）抗生素在克羅恩病處理中占有重要的地位，常用藥物包括甲硝唑、喹諾酮和5-氨基水楊酸。
（5）生物制劑目前臨床上有3種抗TNF-α單抗治療炎性腸病，包括英夫利昔、阿達木單抗和賽妥珠單抗。大多數患者的病情可迅速獲得顯著改善，包括重度或激素及免疫抑制劑無效或不能耐受的潰瘍性結腸炎患者。
2.局部灌腸治療
主要適合病變局限于直腸、乙狀結腸的病例。灌腸液主要由普魯卡因、甲硝唑、地塞米松等組成。柳氮磺吡啶、5-氨基水楊酸均有栓劑，對潰瘍性結腸炎有一定療效。
3.手術治療
緊急手術指征：大出血、腸穿孔、重型患者特別是合并中毒性結腸擴張經積極內科治療無效且伴嚴重毒血癥者。擇期手術指征包括并發癌變、腹腔內膿腫、瘺管形成，頑固性全結腸炎內科治療效果不理想且嚴重影響生活質量，或雖然激素可控制病情但副作用太大不能耐受者。