1.積極尋找并排除致敏物
應立即停止食入可能導致胃腸過敏的食物或藥物諸如牛奶、蛋類、海蝦以及過敏藥物等。對以黏膜病變為主者排除有關致敏食物或藥物后，腹痛和腹瀉可迅速改善。
2.糖皮質激素
糖皮質激素有良好的治療效果，可使病情緩解，多數患者用藥后1～2周內癥狀改善，復發時用藥仍有效。適用于彌漫型、手術后復發和腹腔積液為主的患者。急性期可給強的松，見效后逐漸減量至維持劑量。嗜酸性肉芽腫用藥時間可適當延長。如果激素療效不顯著，可加用其他免疫抑制劑，如硫唑嘌呤等。
3.色甘酸二鈉
色甘酸二鈉是肥大細胞膜穩定劑。臨床上對腎上腺皮質激素治療無效或存在較嚴重的副作用者可改用本藥治療。
4.手術治療
手術治療并不能切除受浸潤的部位，且黏膜水腫給胃腸吻合造成困難，術后易于復發。因此，自從糖皮質激素使用后，嗜酸性胃腸炎已不需要手術治療。嗜酸性肉芽腫出現胃腸梗阻、內科治療無效時可考慮手術治療。根據情況，術后可應用小劑量強的松口服維持。