（1）免疫抑制劑的藥物治療
環磷酰胺是最早用于狼瘡腎炎治療中的一種藥物，屬于細胞周 期非特異性烷化劑，可抑制B淋巴細胞和T淋巴細胞增殖，抑制淋巴母細胞對抗原的刺激反應，降低機體免疫球蛋白水平。以減輕對腎臟的損傷。
霉酚酸酯是常用于狼瘡腎炎中的免疫抑制劑，其可選擇性地對腎 系膜細胞和淋巴細胞進行抑制，而對其他細胞幾乎無影響，在淋巴細 胞代謝活躍時，霉酚酸酯的作用效果十分顯著，因此霉酚酸酯對亢進的體液免疫和細胞免疫有非常強的抑制作用。
硫唑嘌呤是嘌呤類似物，也是免疫抑制劑的一種，通過產生烷基化作用對SH組群進行阻斷，對T淋巴細胞產生作用，抑制細胞增生，見效較慢，療效較為穩定。
他克莫司實驗室命名FK506，是現如今廣泛用于臨床的免疫抑制劑，對狼瘡腎炎有著顯著的干預作用，用于環磷酰胺或者霉酚酸酯 治療失敗的難治性狼瘡腎炎也往往可收到令人滿意的療效。
咪唑立賓是新型的免疫抑制藥物，較硫唑嘌呤更加安全，有研究顯示，硫唑嘌呤有肝臟毒性和骨髓抑制作用，而咪唑立賓則相對安全，其用于狼瘡腎炎的治療安全性甚至高于他克莫司和霉酚酸酯。其可對難治性狼瘡腎炎患者生效，對一般免疫抑制劑和糖皮質激素耐藥的患者可以考慮采用咪唑立賓治療。
（2）免疫凈化
從狼瘡性腎炎的發病機制來看，清除過多的自身抗體能控制疾病的發展，近年來有許多學者進行了相關研究 。免疫吸附是在血漿置換的基礎上發展起來的一種血漿凈化方法，能夠選擇性的去除 ds-DNA 抗體、IgG、抗心磷脂抗體。免疫吸附雖能在一定程度上對機體的免疫功能有一定調節作用，但不能有效阻斷免疫復合物的生成。
（3）干細胞移植
有研究認為系統性紅斑狼瘡可能是造血干細胞異常所致疾病，一些學者嘗試以自身造血干細胞移植 (ASCT) 治療重癥系統性紅斑狼瘡患者。有研究表明，通過運用免疫抑制劑對患者的造血細胞和免疫系統進行深層次的清除，能夠重建正常的免疫系統，取得治療效果。
