大多數肛周膿腫起源于肛腺導管的阻塞伴細菌繁殖和膿腫形成，缺乏波動感時不應延遲引流。治療目的應包括膿腫的切開引流和防止切口假愈合而導致急性復發。切口宜適當，置管引流或掛線。肛瘺術前常用掛線控制局部感染。盡管很多肛周膿腫在門診容易治療，復雜性感染需在麻醉下檢查以確保適當的引流。重癥感染，尤其是免疫力受損的病人，需要住院治療。少數肛周膿腫用抗生素，高危病人，如免疫抑制、糖尿病、彌漫性蜂窩組織炎或有假體植入，應考慮使用抗生素。另外，對人工心臟瓣膜、細菌性心內膜炎、復雜性先天性心臟病、先天性心臟畸形、獲得性心瓣膜病變（如風濕性心臟病）、肥厚性心肌病以及左房室瓣脫垂伴瓣膜性回流和/或瓣膜尖肥厚的膿腫病人在切開和引流術前應使用抗生素。熱水坐浴及局部理療等可以消散，但多數需要手術治療，手術方式是肛門周圍膿腫切開引流。
1.肛門周圍膿腫切開引流術在局麻下就可進行，在波動最明顯處作放射狀切口，保證引流通暢。
2.坐骨肛管間隙膿腫要在腰麻或骶麻下進行，在壓痛最明顯處用粗針頭穿刺，抽出膿液后，在該處作一平行于肛緣的弧形切口，避免損傷括約肌，探查膿腔使引流通暢后，置管或油紗條引流。
3.骨盆直腸間隙膿腫切開引流術要在腰麻或骶麻下進行，切開部位因膿腫來源不同而不同。如膿腫向腸腔突出，手指在直腸內可觸及波動，應在肛鏡下行相應部位直腸壁切開引流；如膿腫源于經括約肌肛瘺感染者，引流方式與坐骨肛管間隙膿腫相似。
肛周膿腫切開引流后，絕大多數形成肛瘺。近年來有采用膿腫切開引流加一期掛線術的報道，可避免肛瘺的形成。