目前對IBS的治療只限于對癥處理。中華醫學會消化病分會胃腸動力學組在《腸易激綜合征診斷和治療的共識意見》中提出：“治療目的是消除患者顧慮，改善癥狀，提高生活質量。治療原則是建立在良好醫患關系的基礎上，根據主要癥狀類型進行癥狀治療和根據癥狀嚴重程度進行分級治療。注意治療措施的個體化和綜合運用。”
1.調整飲食
詳細了解病人的飲食習慣及其與癥狀的關系，避免敏感食物，避免過量的脂肪及刺激性食物如咖啡、濃茶、酒精等，并減少產氣食物（奶制品，大豆，扁豆等）的攝取。高纖維素食物（如麩糠）可刺激結腸運動，對改善便秘有明顯效果。
2.心理和行為治療
對病人進行耐心的解釋工作，具體包括心理治療，生物反饋療法等，對于有失眠，焦慮等癥狀者，可適當予以鎮靜藥。
3.藥物治療
（1）解痙劑 目前使用較為普遍的是選擇性腸道平滑肌鈣離子通道拮抗劑，或離子通道調節劑。抗膽堿能藥如阿托品、顛茄、莨菪堿類也能改善腹痛癥狀，但需注意不良反應。
（2）通便劑 便秘可使用導瀉藥，可試用容積性瀉劑如甲基纖維素和滲透性輕瀉劑如聚乙二醇、乳果糖等。刺激性瀉劑應慎用。
（3）止瀉劑 如洛哌丁胺或復方苯乙哌啶等，可改善腹瀉，需注意便秘、腹脹等不良反應。輕癥者可選用八面體蒙脫石等吸附劑。
（4）促動力劑 適用于有腹脹和便秘型患者。常用的有西沙比利或莫沙必利等。
（5）內臟止痛劑 生長抑素及其類似物如奧曲肽，具有緩解軀體和內臟疼痛的作用。5-HT3受體阻滯劑如阿洛司瓊，能改善腹瀉型患者的腹痛及大便次數，可引起缺血性結腸炎等不良反應，使用時需注意。5-HT4受體的部分激動劑因其存在增加心血管缺血事件的風險，已被停止使用。
（6）抗精神病藥 對腹痛癥狀重而上述治療無效，尤其是具有明顯精神癥狀的患者，適當予以鎮靜劑，抗抑郁藥，抗焦慮藥有一定幫助。
（7）益生菌 能調整宿主腸道微生物群生態平衡，適用于伴有腸道菌群失調的IBS患者。
4.中醫藥治療
中醫將IBS分為大腸燥熱證、寒熱夾雜證、脾胃虛弱證、肝氣乘脾證、肝郁氣滯證等證型，通過辨證論治、針灸等方法，對IBS的治療取得了一定療效，仍有待于今后進一步研究。