本病傳播途徑復雜，目前尚缺乏安全有效的疫苗與抗病毒治療藥物。這給本病的預防控制及重癥患兒的救治帶來嚴峻挑戰。目前主要是對癥治療。
1.對癥處理
（1）口服B族維生素 如維生素B1、維生素B2、維生素C。
（2）嘔吐難以進食者 給予輸液。當口腔有糜爛吃東西困難時，可以給予易消化的流食，飯后漱口。
（3）口腔潰瘍 給予可選用青黛散、雙料喉風散、冰硼散等外涂，并保持局部清潔，避免細菌的繼發感染。
（4）服用抗病毒的藥物 如病毒唑、抗病毒口服液等。若伴有發熱時，可以用一些清熱解毒的中藥。
2.并發癥治療
手足口病可能合并心肌炎、腦炎、腦膜炎等病癥，應及時進行治療。