潔凈室技術被廣泛應用于保護生產過程（產品），不受人員和環境污染。為此需遵循下列三項原則之一：
使潔凈室保持比鄰近房間更高的氣壓；
在潔凈區與較不潔凈區的分界處應保持較高的排風風速；
采用物理隔離的方式隔離不同的區域。
壓差原則就是防止較不潔凈區的氣流向潔凈區倒灌（例如通過門縫），即在潔凈室內保持恒定的高壓（５～２０Ｐａ）。其氣流組織原則是低速氣流由潔凈室向著鄰近區域并保持相對高的壓差。受控參數就是壓差。
排風原則就是形成低渦流或近似于單向氣流，風速大于０.２米／秒，由較潔凈區吹向較不潔凈區，以防止氣流倒灌。
在應用此種方式時，應考慮到障礙物，熱源和污染物，排風格柵位置等的影響。此項原則的特點就是低壓差，相對高的氣流風速。運用此項原則的實例就是位于較低潔凈度級別房間內的層流潔凈區（單向氣流區）。
區域的物理分隔原則就是建立隔離裝置，對由較低潔凈度的房間產生的污染形成不可逾越的屏障，不致進入較高潔凈度的潔凈室。
如果是具有有害物的生產過程（個別品種的致病微生物，強烈反應的化學制劑），則應保證該處的氣壓相對于環境是負壓。
應予指出，建立負壓的要**與潔凈室的工作原理相矛盾的，潔凈室是基于正壓差的。為了解決此項矛盾，便采用了另加的氣閘室，在潔凈室周圍建立二層密閉外殼（包括吊頂）使氣閘室相對于鄰近房間和有害作業具有高的正壓。為此，就可以采用隔離工藝，例如，在接觸有毒制劑時采用具有負壓得隔離裝置。